Anfang des 21. Jahrhunderts gibt es Krieg zwischen zwei Armeen: Die reguläre Armee der Weltregierung und Rebellen, die eine Militärdiktatur anstreben und von General Morden angeführt werden. 2026 wurden die sogenannten Metal Slugs (spezielle Panzer) entwickelt, die zwei Jahre später von den Rebellen gestohlen werden. Eine Spezialtruppe, genannt Peregrine Falcon, wird entsandt, um diese zu zerstören.
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